Nach der Schlacht um Lübeck und der anschließenden Kapitulation der preußischen Truppen Blüchers bei Ratekau brach für die Hansestadt Lübeck eine schwere Zeit,  die sogenannte Franzosenzeit, an.

Am 28. November 1806 erklärte Napoleon durch den General Buget die Stadt formell zu seinem Besitz,  wobei er die bestehenden Behörden anerkannte.  Frankreich verfügte,  dass Lübecks Kaufleute alle englischen Handelsgüter,  die sie in der Stadt lagerten,  der Zollbehörde zu melden hatten.  Diese Anordnung folgte dem Berliner Dekret Napoleons vom 21. November 1806,  mit dem er die Kontinentalsperre als Wirtschaftsblockade gegen britische Inseln in die Wege geleitet hatte (Festlandssperre).  Diese Regelungen betrafen Lübeck im Besonderen, weil England seine Waren in die Hansestädte gesandt hatte,  seitdem Holland von Frankreich besetzt worden war.  Elbe und Außenweser wurde für den Handel mit England gesperrt.

Diese Kontinentalsperre war an der gesamten europäischen Küste vom Kaiser,  die von Frankreich beherrscht oder beeinflußt wurde, aufgestellt worden um den Handel mit England zu unterbinden. Nur so glaubte er,  England den Todesstoß versetzen zu können, nachdem seine Seeflotte bei Trafalgar  gescheitert war.  Denn für England war der Handel lebenswichtig.

Das Berliner Dekret, das am 27. November und in den folgenden Ausgaben der Lübeckischen Anzeigen veröffentlicht wurde, enthielt folgende Neuerungen:

• Die britischen Inseln wurden für blockiert erklärt.
• Jeder Handel und jede Korrespondenz mit England wurde verboten.
• Jeder in besetzten Ländern angetroffene Engländer war als Kriegsgefangener zu behandeln.
• Alles englische Eigentum wurde beschlagnahmt.
• Dasselbe galt für Waren aus englischen Kolonien oder Fabriken.
• Kein Schiff aus England oder englischen Kolonien durfte einen französisch besetzten Hafen anlaufen.
• Dagegen verstoßende Schiffe wurden als englische Schiffe betrachtet und beschlagnahmt.

Mit dem Mailänder Dekret vom 25. November 1807 weitete Napoleon die Kontinentalsperre auch auf die neutrale Schifffahrt aus und ergänzte:  Englische Ware auf neutralen Schiffen wurde auch beschlagnahmt. Weitere graduelle Verschärfungen folgten. Mit dem Dekret von Trianon am 5. August 1810 ließ Napoleon einen 50%igen Zoll auf sämtliche Importprodukte ungeachtet ihres Ursprungs erheben.  Wirtschaftlich wurden die Stadt und ihre Bürger in der Zeit von 1806-13 völlig ruiniert. Waren wie zum Beispiel Kaffee wurden nach kürzester Zeit der reinste Luxusartikel. Als Reaktion auf die französische Inbesitznahme des Kurfürstentums Hannover 1803 – womit in Norddeutschland die „Franzosenzeit“ begann – hatte England die Mündung von Weser und Elbe gesperrt,  sodass Lübeck hieraus den Nutzen und Wohlstand zog,  und den gesamten Handel mit dem Norden übernahm, was ihren Hafen zu klein werden ließ,  der deswegen bis zur Ballastkuhle ausgedehnt wurde.  Die darauf wachsenden Zolleinnahmen und die Zahlen der ein- und auslaufenden Schiffe verdeutlichten den Aufschwung, der der Bevölkerung einen großen Verdienstzuwachs bescherte:

Der Schmuggel mit Kolonialwaren erlebte allerdings eine regelrechte Blüte, welcher jedoch zunehmend hart bestraft wurde.

Das Gemeinwesen brauchte bis weit in die zweite Hälfte des 19. Jahrhunderts,  um die durch die Schlacht von 1806 in ihren Toren und die anschließende Besatzung entstandenen Staatsschulden zu konsolidieren.  Der gewachsene Reichtum der Bevölkerung durch die Kontinentalsperre entsprach nämlich nicht dem Kassenstand der Stadt.  Alte Schulden sowie neue Darlehen bereiteten der Stadtkasse finanzielle Probleme.  Lübeck spürte immer noch die Folgen des Dreißigjährigen Krieges, und im Jahre 1806 beliefen sich die Schulden der Stadt bereits auf sechs bis sieben Millionen Courantmark.  Die Verluste und Ausgaben der Stadt seit dem November 1806 betrugen fast 17 Millionen Courantmark.  Bis 1810 blieb der Freistaat Lübeck ein militärisch besetztes Gebiet. Angekündigte Einquartierungserleichterungen kamen nicht. Die Besatzer beschlagnahmten willkürlich im November 1806 insgesamt 38 preußische, russische und schwedische Schiffe im Lübecker Hafen und die Schiffe und Ladungen wurden für 600.000 Francs verkauft. Von dem Erlös ging nur etwa der vierte Teil in die französische Staatskasse. Den größten Teil nahmen sich Bernadotte und seine Kollegen. Als Antwort blockierten die Schweden den Lübecker Hafen und hinderte 16 Lübecker Schiffe an der Weiterfahrt. Diese Umstände führten dazu, dass der Lübecker Hafen von anderen Seeleuten nicht angelaufen wurde und sich der Handel und die Ernährungslage zuspitzten. Die Manufakturen und andere Gewerbe litten an Rohstoffknappheit.  Am 25. März 1807 konkretisierte Napoleon das Berliner Dekret:

• Ballastschiffe durften nur auslaufen, wenn der Beweis erbracht wurde, dass kein englischer Hafen angelaufen werden sollte
• es musste eine Bürgschaft in Höhe des vollen Schiffswertes hinterlegt werden – das galt auch für beladene Schiffe
• auslaufende Schiffe wurden von Douanen (Zollsoldaten) durchsucht
• einlaufende Schiffe wurden auf der Trave von Travemünde bis Lübeck von Militärs begleitet
• die Schiffe durften erst nach der Douanenkontrolle entladen werden, wenn es feststand, dass die Ladung den Schiffspapieren entsprach
• wenn auch nur eine unerlaubte Ware gefunden, wurde das ganze Schiff beschlagnahmt.

Das Berliner Dekret wurde Ende 1807 durch das Mailänder Dekret noch weiter verschärft.

Der Lübecker Seehandel kam in den Jahren von 1807-13 völlig zum Erliegen und die Schiffsbewegungen im Lübecker Hafen gingen zeitweilig gegen null. Damit waren der Handelsstadt während dieser Zeit praktisch alle Einnahmen abgeschnitten.

Auch durch Kaperei,  die auch Frankreich,  England,  Dänemark und Schweden auf der Ostsee betrieben,  konnte die wirtschaftliche Lage nicht aufhellen, sondern sie ließ die Versicherungspolicen bis auf das Zehnfache ansteigen.  Die ernste Krise,  die in der Zeit von 1808-1813 mit rund 200 Bankrotten einherging, begleiteten viele gesellschaftliche Umwälzungen, und bisherige territoriale und politische Ordnung wurden umgeworfen. Die ständisch-feudal organisierten deutschen Länder, welche aufgeklärt-absolutistisch herrschten, wurden von dem liberalen Frankreich stark attackiert. Das Gerichtswesen wurde modernisiert, und Galgen und Schandsäulen abgeschafft.

Die Gewerbefreiheit wurde eingeführt. Höhere Steuern (Grundsteuer,  Personensteuer, Mobiliarsteuer, Spielkartensteuer, Tür- und Fenstersteuern, Handels- und Gewerbesteuern, Torgelder, Stempelsteuer und eine Reihe Zuschlagssteuern),  die zum Teil auch neu waren,  mussten entrichtet werden. Das öffentliche Glücksspiel (Travemünde) und die kaiserliche, staatliche Zahlenlotterie wurde in ganz Lübeck in der „Franzosenzeit“ eingeführt.  Das Katharineum, das aus Schule und Kirche bestand, wurde in ein Lazarett umgewandelt. Seit 1806 befand sich die Kirche Sankt Katharinen im Besitz der Stadt.  Sie diente seit der Franzosenzeit sehr unterschiedlichen Zwecken. Ein Teil der 200 Zuchthäusler,  die am 4. Dezember 1812 aus Hamburg in die Stadt überführt wurden, sind dort untergebracht worden;  auch Pferde der napoleonischen Truppen sollen in ihr Quartier gefunden haben. 2000 verwundete Krieger lagen Ende 1806 in den Hospitälern, in Bürgerhäusern und Kirchen. Aus diesem Grund konnte der Gottesdienst erst wieder am 23. November aufgenommen werden.

Aufwendige Arbeiten wurden vorgenommen:  Der Jerusalemsberg in Lübeck war ursprünglich wohl höher als heute, und wurde in der Franzosenzeit geschleift^.. Das neu gebildete Stadtmilitär wurde ausgebildet. Buchdruckereien und Buchhändler wurden scharf überwacht. Das Vereins- und Versammlungsrecht wurde erschwert (Auf unangemeldete Gruppen, die aus mehr als drei Personen bestanden, sollte geschossen werden). Das Briefgeheimnis wurde nicht gewahrt.

Als Folge auf die Dekrete Napoleons aus dem Jahr 1806 versuchte England mit Erfolg u. a. den Lübecker Handel mit Frankreich über See zu verhindern, sodass der seit 1716 bestehende Handelsvertrag mit Frankreich nicht mehr erfüllt werden konnte. Als ein Resultat der englischen Seeblockade erhöhten sich die Preise für Wein, der vorzugsweise aus Frankreich importiert wurde, und die Kosten für Kolonialwaren, welche fast ausschließlich von England bezogen wurden,  in Lübeck immens. Da die Stadt und ihre Dörfer über den gesamten Zeitraum der Besetzung von vielen, vorwiegend französischen, Militärs und Zöllnern kontrolliert wurde – was auch den Schmuggel erheblich erschwerte –, waren die amtlichen Überprüfungen häufig und penibel bis willkürlich, weil jedem Douanier bis zu 20% der von ihm eingezogenen Ware zustand. Hohe Kontributionen und Tafelgelder für höhere Militärpersonen waren zu entrichten, mit denen der Bevölkerung die Besatzungskosten auferlegt wurden.

Der Verkehr mit Kutschwagen, auf Straßen im schlechten Zustand, konnte die Zeit des lahmgelegten Überseehandels nicht vergleichbar überbrücken. Viele Zollposten mit hohen Tarifen entstanden, und der Handel über Land wurde durch eine hohe Dichte von Zollposten scharf kontrolliert. Ursprünglich wollte Napoléon Lübeck an Dänemark verschenken, wenn Dänemark seine Flotte gegen England hergegeben hätte; spätere Ereignisse führten dazu, dass Holland den Zuspruch erfahren sollte. 1809 versprach er sich aber von der Einverleibung ins französische Kaiserreich die größten Vorteile.

Um den daniederliegenden Seehandel, der neben dem Landhandel die Haupterwerbsquellen der Lübecker war, wieder zu fördern, verfolgte Napoleon zunächst ein ausgedehntes Kanalprojekt, dass am Erfolg des französischen Vorbildes ausgerichtet war. Sein Ziel war es, Frankreich – mit Paris als Warenzentrum Europas – einen Handelsweg mit Rohstoffen aus dem Norden sicherzustellen und die Versorgung mit Gütern aus den Ostseeländern außerhalb des englischen Einflussbereichs zu gewährleisten. Innerhalb von fünf Jahren sollte ein Kanalweg von der Ostsee bis an die Seine gebaut werden. Planmäßig war der Stecknitzkanal als Endstück eines Canal de la Seine à la Baltique, auszubauen und zwischen Elbe, Weser und Ems sollten neue Kanäle ausgehoben werden. Napoleon ließ aber trotz Unterstützung der Lübecker das gesamte Konzept fallen.

Somit war es nicht verwunderlich, als die Zustände Lübeck´s immer trostloser wurden, dass man erfreut die Botschaft über den Rückzug der Grande Armée aus Moskau am 14.10.1812 vernahm.

Zwischen 1811 und 1812 lief kein einziges Schiff den Lübecker Hafen an. Nicht nur die Konsequenz der verhassten Eingliederung in das französische Staatswesen ist aus heutiger Sicht beeindruckend, es setzte auch unverzüglich ein gewaltiger Planungsprozess ein, der die Schaffung einer neuen Infrastruktur zum Gegenstand hatte. Auf Lübeck bezogen waren dies als Planstudien nach umfangreichen, durchgeführten Vermessungsarbeiten:

Der Plan des Baus eines Kanals von Paris an die Ostsee, im Teilstück zwischen Lübeck und der Elbe durch Ausbau des Stecknitzkanals

• Der Ausbau des Hemmelsdorfer Sees zu einem neuen Seehafen
• Der Plan des Baus eines Kanals zwischen der Nordsee und der Lübecker Bucht der Ostsee unter Nutzung der Trasse des Alster-Beste-Kanals

Die französische Organisation und Verwaltung sollte sich aber für Lübeck als fortschrittlich erweisen. So zum Beispiel führten die Franzosen Hausnummern in den Strassen Lübecks für das Postwesen ein.

Neben diesem Kanalprojekt versuchte man auch den Landhandel wieder aufzurichten. So zum Beispiel ließ sich in dieser Zeit ein Konditormeister namens Niederegger in Lübeck nieder. Er machte das Marzipan weltberühmt.

Darüber hinaus wurde der Lübecker Rotspon sehr geschätzt, als man erkannte, daß die Bordeauxweine, die in den Weinkellern Lübecks gespeichert wurden, viel besser als die Rotweine zu Hause schmeckten.

Aus dem Lübecker Stadtmilitär stellte man mit dem ehemaligem Hamburger Bürgermilitär das 127. Régiment d´Ligne zusammen, welches den Feldzug nach Russland mitmachte.

Als versprengte, französische Offiziere, die in einem jämmerliche  Zustand aus Russland 1812 nach Lübeck kamen, regten sich in der Bevölkerung erste Hoffnungsstrahlen. Man sah einer besseren Zeit entgegen, ja sogar auf die Befreiung ! Schon bald machte folgendes Lied die Runde:

Für die französischen Beamten und Militärs waren dieses recht bedenkliche Zeichen. Schon bald kam es zu ersten Unruhen zwischen der Bevölkerung und den französischen Besatzern am 23. Februar 1813. Die französischen, amtlichen Schilder wurden von den Häusern abgerissen und zertrümmert.

Wie ein Zeitgenosse beschrieb, erlitten die Douanen viel Schmach. Bei diesen Auseinandersetzungen wurde dann am 25. Februar ein Lübecker Bürger erschossen. Noch in der Nacht verließen die französischen Beamten und Soldaten die Stadt. Sie kamen aber am 28. Februar zum größten Teil wieder zurück.

Bereits am 4. März hatte die russische Armee Berlin eingenommen. Als man in Hamburg von dieser Nachricht erfuhr, erhielten die französischen Truppen und Beamte den Befehl, sich dorthin zu begeben. Bis auf den Postdirektor Lejeune hatten dann die Einheiten die Stadt verlassen.

Da es kein Stadtmilitär mehr gab,  wurde eine Art Bürgerwehr ins Leben gerufen. Nun kann aber die Wut der Bevölkerung keine Grenzen mehr. Das Haus des Postdirektors wurde arg verwüstet. Weitere Ausschreitungen des Volkes konnten durch die Bürgerwehr verhindert werden.

Am 18. März erreichte dann ein russisches Streifkorps von 1.400 Mann unter Tettenborn Hamburg.

Am 19. März wurde durch Senatsbeschluß der Bürgermeister Tesdorpf wieder ins Amt bestellt und die Unabhängigkeit Lübecks erklärt. Der Jubel in der Stadt kannte nun keine Grenzen mehr.

Am 21. März kam eine Abteilung aus Hamburg von 400 Mann russischer Kosaken nach Lübeck, die von der Bevölkerung begeistert empfangen wurden.

Die ersehnte Freiheit war indes von kurzer Dauer,  denn bereits am 3. Juni – am Nachmittag des Tages waren die Kosaken abgezogen – wurde Lübeck abends erneut von den mit Frankreich verbündeten Truppen Dänemarks (1.600 Dragonern) besetzt und die französische Besatzung kehrte kurz darauf zurück.  Als ein Beispiel der nun folgenden Repressalien durch die französischen Truppen gegen die Bevölkerung sei das Schicksal von Jürgen Paul Prahl genannt  Heute vor 200 Jahren – Das Schicksal des Knochenhauers Jürgen Paul Prahl am 7. Juli 1813.  Nach der Völkerschlacht bei Leipzig erhielt Davout vom Kaiser den Befehl, die Festung Hamburg in jedem Fall zu halten.  Er zog daraufhin seine Truppen um Hamburg zusammen,  so dass die Stadt Lübeck bereits am 5. Dezember 1813 durch den französischen General Lallemand an seinen früheren Mitstreiter Bernadotte,  jetzt als schwedischer Kronprinz, Gegner Napoleons und Befreier Lübecks,  übergeben werden musste.

Die Bürgerwehr wurde jetzt ausgerüstet.  Sie stellte später einen Teil der Hanseatischen Legion, einem Korps Freiwilliger, welches von Bremen, Lübeck und Hamburg gebildet wurde. Die Lübecker stellten das 3. Infanteriebataillon sowie 2 Kavallerieschwadronen dieser Legion.  Allerdings gab es zu der Hanseatischen Legion folgende Besonderheiten:

• die Vereidigung  erfolgte bis zum 25. April 1814 auf den Zaren, da Lübeck  sowie die anderen Hansestädte offiziell noch zu Frankreich gehörten.
• die Besoldung nahm ebenfalls Russland vor
• um die Ausrüstung kümmerte sich England

Die Legion wurde Anfang 1814 aufgeteilt. Die Bremer gingen mit der Nordarmee nach Frankreich, während die Hamburger und Lübecker an der Belagerung Hamburgs teilnahmen.

Das holsteinische Umland Lübecks hatte im folgenden Winter 1813/14 (Kosakenwinter) auch noch nach dem Frieden von Kiel erheblich unter den Befreiern unter dem Befehl von Levin August von Bennigsen zu leiden.